Alšova jihočeská galerie vznikla jako krajská instituce v roce 1951. Jedná se o jedinou galerii svého druhu v jižních Čechách a patou největští v České republice. Na počest významného jihočeského umělce Mikoláše Alše získala jeho jméno do svého názvu. Svou činnost zahájila galerie v roce 1953 v pronajatých prostorách budovy na Senovážném náměstí v Českých Budějovicích, kde dnes sídlí Jihočeské muzeum. O tři roky později se hlavním sídlem galerie stala neogotická jízdárna zámku Hluboká nad Vltavou, zde působí dodnes. Ta byla vystavěna v letech 1845-1847 podle návrhu vídeňského architekta Franz Beera. Úpravy interiéru pro potřeby galerie v padesátých letech minulého století navrhl architekt Jaroslav Fidra ve spolupráci s Břetislavem Štormem. První expozice zde byla zpřístupněna 15. 4. 1956. Prvotním zřizovatelem byl Jihočeský krajský národní výbor, od roku 1991 pak Ministerstvo kultury České republiky a od roku 2001 dodnes Jihočeský kraj. Momentálně se v zámecké jízdárně nachází stálá expozice, která dokumentuje výtvarné umění ze sbírky galerie od 13. století po současnou tvorbu. Přestože se jedná o stálou expozici, není statická a každý rok bývá obměňována. Galerie tím chce ukázat množství a kvalitu sbírkového fondu. Dále se v budově nachází dva výstavní sály, které slouží zejména pro sezónní výstavy. Mimo kulturní pořady, přednášky a koncerty pořádá AJG od r. 1957 v Hluboké nad Vltavou každoročně jeden z nejstarších hudebních festivalů v České republice: Hudební léto Hluboká.

Kromě hlavní budovy má galerie ještě dvě pobočky. První z nich je Mezinárodní muzeum keramiky, které sídlí v rekonstruovaném bývalém zámeckém pivovaru u zámku v Bechyni. Jeho založení v roce 1967 bylo podmíněno tradicí pořádání Mezinárodních sympozií keramiky, které se zde opakovaně konalo. V městě také sídlí Střední uměleckoprůmyslová škola keramiky, která dlouhodobě s galerií spolupracuje. Budova původně patřila do správy Akademie věd České republiky a rekonstrukce pro galerijní účely proběhla ve spolupráci s Uměleckoprůmyslovým muzeem v Praze. Po celou dobu existence se konferencí zúčastnilo více než 400 umělců z celého světa. Z důvodu špatných klimatických podmínek se zde konají pouze sezónní výstavy zaměřené na sbírky keramiky, porcelánu a plastik.

Druhou pobočkou je Wortnerův dům v Českých Budějovicích. Renesanční budova stojí v historickém centru města a od roku 1958 je kulturní památkou. Postavena byla v první polovině 16. století a využívána byla židovskou komunitou. Nedaleko domu stála původní synagoga. Později byla budova předána do správy křesťanského obyvatele. V 17. století stavbu zasáhl velký požár, naštěstí nedošlo k úplné demolici a dům byl obnoven. Od roku 1860 byla majitelem rodina Wortnerova, která patřila mezi přední obchodníky města. Dodnes budova nese jejich jméno. V devadesátých letech minulého století započala rekonstrukce pro galerijní účely podle projektu Státního ústavu pro rekonstrukci památkových měst a objektů. V domě se nachází několik výstavních sálů, kde probíhají celoroční instalace, a také zázemí edukačního oddělení s prostorem pro doprovodné programy. V září roku 2016 byla budova uzavřena a byla zahájena rozsáhlá rekonstrukce. Dojde ke zvětšení výstavních prostor, výstavbě nových depozitářů a zřízení výtahu pro bezbariérový přístup, který prozatím není umožněn v žádné pobočce galerie.